|   Küldés emailben

 

Membránfehérje Bioinformatika Kutatócsoport (Lendület)

Bemutatkozás, fő kutatási terület

A Membránfehérje Bioinformatika Kutatócsoport (MBK) az MTA Természettudományi Kutatóközpont Enzimológiai Intézetében működik, vezetője Dr. Tusnády Gábor. A csoport 2012-ben alakult meg, amikor a csoportvezető elnyerte az MTA által kiírt Lendület pályázatot.

A csoport fő célkitűzése a membrán fehérjék topológiájának és 3Ds szerkezetének vizsgálata, olyan modern bioinformatika eljárások kifejlesztésével, mint a CCTOP, vagy TMFoldRec eljárások, valamint adatbázisok létrehozásával és karbantartásával, amelyek a transzmembrán fehérjék topológiájával és szerkezetével kapcsolatosak. A csoportban vizsgálják még a transzmembrán fehérjékben előforduló rendezetlen régiókat és a transzmembrán fehérjék kölcsönhatási hálózatát. A bioinformatikai eljárások mellett a csoport részt vesz egy transzmembrán fehérjék topolológiai adatainak generálására alkalmas nagy áteresztő képességű módszer fejlesztésében.

A transzmembrán fehérjék vizsgálatában elért eredményeken kívül a csoport bekapcsolódott számos új generációs szekvenáláson (NGS) alapuló kutatásba, kezdve a csirke DT40 bursal limfóma sejtvonal és a Micoplazma sp HU2014 genom szekvenálástól az általános kemoterápiás szerek mutagén hatásának és a formalinnal fixált, parafinba ágyazott tumor minták TruSeq Custom Amplicon esszé klinikai validációján át, ismert és ismeretlen virális patogének növényekben való azonosításáig.

Aktuális együttműködések

-                 Prof. Szentirmay Zoltán, igazgató, Onkológiai Intézet, Sebészi és Molekuláris Daganatpatológiai Centrum, Különböző ritka tumorok FFPE/NGS adatainak bioinformatika                                feldolgozása

-                 Dr. Tóth Erika főorvos, Onkológiai Intézet, Sebészi és Molekuláris Daganatpatológiai Centrum, Különböző ritka tumorok FFPE/NGS adatainak bioinformatika feldolgozása

-                 Szállási Zoltán, Pediatrics, Harvard Medical School; Pediatrics, Boston Children’s Hospital

-                 Várallyay Éva, Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóintézet Diagnosztikai Kutatócsoport

Főbb műszerek, berendezések

-                 Supermicro kompjuter klaszter (256 CPU mag, 4Gb RAM CPU magonként (összesen 1Tb RAM), 24 Tb redundáns winchester kapacitás.

-                 Web szerver (20 CPU mag, 160Gb RAM, 2x4Tb redundáns Sata disk, 2x4Tb PCIexpress SSD disk)

-                 60Tb QNAP NAS szerver

Csoport saját honlapja:

http://mbk.enzim.ttk.mta.hu

Csoportvezető

Dr. Tusnády Gábor, tudományos főmunkatárs
Publikációk

Munkatársak

Gergely Zsuzsanna, PhD hallgató

Horváth András, tudományos munkatárs

Dobson László, PhD hallgató

Langó Tamás, PhD hallgató

Molnár János, tudományos segédmunkatárs

Reményi István, programfejlesztő

Varga Julia, tudományos segédmunkatárs